El protocolo implementa las medidas de control, cuidado y tiempo de permanencia en las comunidades y fue diseñado con el apoyo técnico de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).
Por ejemplo, el ingreso o salida a las comunidades, debe ser por consulta libre, previa e informada con las autoridades de la comunidad, como lo son líderes políticos y religiosos. Si la respuesta es positiva, se prevén las medidas sanitarias impuestas por Salud, y también las recomendaciones de cada comunidad desde su cultura y prácticas tradicionales de prevención y cuidado.
Este protocolo garantiza el respeto por la cosmovisión y conocimientos sobre salud de cada comunidad, incluyendo a los médicos, métodos, medicina y creencias.
También limita a 10 personas los que pueden ingresar, establece el uso insumos de bioseguridad, el distanciamiento social, y la desinfección de medicinas y todos los materiales que sean entregados a la comunidad.
Además, los funcionarios y el personal del Estado fumigarán toda el área que recorrieron y cubrieron con sus operaciones.
Cabe destacar que la fase de revisión y aportes fue compartido a instancias e instituciones como la Dirección Nacional de Salud de los Pueblos Indígenas, el Ministerio de Desarrollo Social y la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos.